La LPO Franche-Comté, association locale dotée de ses propres statuts, fait partie du réseau de la Ligue pour la Protection des Oiseaux (LPO). L’appartenance à ce réseau se traduit par l’existence d’une convention entre la LPO France et la LPO Franche-Comté.

La LPO France est le représentant français de BirdLife International, le mouvement international de protection des oiseaux.

La LPO, née en 1912, se compose de délégations, groupes, relais et antennes réunis autour d'une association nationale reconnue d'utilité publique depuis 1986, comptant environ 60 000 membres suivant les années. La LPO est le représentant officiel de BirdLife International en France depuis 1993. La Ligue pour la Protection des Oiseaux a pour but "la protection des oiseaux et des écosystèmes dont ils dépendent et, en particulier, la faune et la flore qui y sont associées", et plus globalement la biodiversité. Elle réalise des actions avec ses membres, ses abonnés, ses donateurs, ses sympathisants et avec la contribution active de milliers de bénévoles.

Ce réseau de femmes et d'hommes se structure autour de l'association nationale, de ses associations locales, groupes, relais, sites et antennes. Toutes ces personnes sont les acteurs de la vie associative de la LPO.
Les orientations de la LPO participent à la stratégie de conservation des oiseaux et de leurs milieux qu'anime BirdLife International au niveau européen et mondial.