Conseil départemental du Jura
Le Conseil départemental du Jura a financé le programme "Migrations et Hirondelles dans le ciel de Franche-Comté"
Conseil départemental de Haute-Saône
Conseil départemental du Territoire de Belfort
Le Conseil départemental du Territoire de Belfort subventionne la LPO Franche-Comté depuis 2008.
En outre la LPO Franche-Comté contribue régulièrement à l'animation de la Maison de l'Environnement, sur le site du Malsaucy.
A la demande du Conseil départemental, le site du Malsaucy est devenu un Refuge LPO.
Grand Besançon
Projet de sauvetage de la colonie d'Hirondelles de fenêtre de la Future Citée des Arts
Subvention du programme 'Hirondelles et Migrations dans le ciel de Franche-Comté' en 2006/2007
Communauté de Commune de l'Agglomération Vésulienne
Depuis 2007 la LPO Franche-Comté mène un programme d'animations scolaire prenant appui sur le Lac de Vaivre-Vesoul.
Le site du Lac de Vaivre-Vesoul est l'un deux premiers refuges LPO collectivités en Franche-Comté
Communauté d'Agglomération du Pays de Montbéliard (Agence de l'environnement et Université ouverte)
La LPO Franche-Comté participe depuis 2004 au programme d'éducation à l'environnement 'Naturaville'.
Ville de Besançon
En 2006/2007, création du chemin d'interprétation le long du Doubs sur les Oiseaux.
La LPO Franche-Comté participe annuellement au programme d'animation de la Ville.
La Ville participe annuellement au financement des Rencontres Natures, le colloque annuel de la LPO Franche-Comté
Commune de Rougemont (25)
Subvention de l'exposition annuelle de Champignons
Parc Naturel Régional des Ballons des Vosges
Mise à jour des base de données du Parc en 2006/2007.
Inventaire des Tariers des prés en 2003.
Parc Naturel Régional du Haut-Jura
Etudes sur les oiseaux des milieux ouverts en 2006/2007
La LPO Franche-Comté participe à l'élaboration de la nouvelle charte du PNR.
Syndicat mixte du Marais de Saône
la LPO Franche-Comté participe annuellement au programme d'animation du marais.
Communauté de commune Petite Montagne
Etudes ZPS en 2006 et 2008
Animations nature depuis 2010
SITA France et SITA Centre-Est
Financement d'une placette de nourrissage hivernal du Milan royal en Haute-Saône.
Etude sur l'amélioration de la biodiversité sur le site de Fontaine-lès-Clerval.
Fondation Nature et Découverte
Financement par la Fondation de la Placette Milan royal du Doubs.
La LPO mène ponctuellement des animation pour le magasin de Besançon.